国家在“十五”期间制定的我国交通运输发展的阶段性目标中，明确提出了交通运输的发展方向是货运物流化。这一目标的确立，必将对铁路集装箱运输的发展产生重大影响。目前，我国尚未建立综合的物流体系，对铁路来说，是一次较好的发展机遇，也是一次运输市场的重新划分，更是运输资源重新配置的过程，铁路必须抓住这个关系未来发展的契机。
有一定的优势但更多的是问题虽然铁路集装箱运输作为一种特殊的运输方式，在融入现代物流过程中有着其他运输方式所不可比拟的优势。铁路有专业的装卸机械和从业人员，可以为社会提供专业化的集装箱运输服务。铁路运输有比较成熟的应用信息技术，例如TIMS、DIMS等。
TIMS即铁路运输管理信息系统，DMIS即铁路行车调度指挥系统。目前，我国正在北京、上海、广州等中心城市及港口城市建设18个集装箱中心站，使其相互间能开行集装箱班列，成为全国及区域铁路集装箱运输中心；并将要建设40个左右靠近省会城市、大型港口城市及主要内陆口岸的集装箱办理站，使之成为地区铁路集装箱运输中心。
但我国铁路由于环境的制约和其他方面的影响，还存在很多问题。体制上和机制上，铁道部集装箱中心与各局的“分中心”是一种松散的伙伴关系，既没有资产纽带，也没有行政隶属关系，双方都缺乏激励和约束，导致目前铁路集装箱运输权责不明确，经营无约束、盈亏难算清，管理上缺乏一整套科学的、强有力的利益、风险、责任制约机制。
铁路集装箱运输基础设施薄弱，配套设施不完善。首先是箱形结构不合理。我国铁路传统上以小型箱为主，1t、5t、10t箱占主导地位，而国际上通用的20ft、40ft所占比例不大。目前中小型箱严重积压，造成了大量空集装箱的输送，制约了集装箱资源的合理配置。
二是铁路缺少适应国际标准箱装卸的专用设备，降低了装卸速度和效率，造成了标准箱及现有装卸机械的严重损坏，使运输成本提高。
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